Drgirare intorno Lunga vita, il 21 giugno è il solstizio d’estate o d’inverno. Per alcuni, questo è un momento di festa accompagnato da strani rituali. Tra i festaioli ci sono i membri del Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes Consortium (Meta).Sub). Se a Bogotà, o Doha, o Kuala Lumpur, o Londra, o Minneapolis, o in qualsiasi altra delle circa 60 città del mondo, quel giorno ho visto qualcuno spazzare invisibilmente una biglietteria, un corrimano, un tornello o un posto a una stazione della metropolitana locale, non abbiate paura. È solo uno dei MetaSubI volontari della società raccolgono campioni di microbi locali.

mortoSubLo scopo è comprendere i complessi invisibili di batteri, archaea, funghi e virus che sono i più piccoli rappresentanti della vita. Ogni anno, il 21 giugno, coordina un esercito di cacciatori di piccola selvaggina che hanno il compito di campionare i mezzi pubblici della loro città. I tamponi vengono quindi etichettati con il tempo di raccolta, la temperatura locale, l’umidità e la natura della superficie del campione e inviati per il sequenziamento genetico e l’analisi statistica.

Gli ultimi risultati del consorzio, recentemente pubblicati su cellula, sulla base di 4.728 campioni raccolti nel 2015, 2016 e 2017. Questi campioni mostrano che ogni città ha un ecosistema microbico sufficientemente distinto (vedi grafico) da fungere da impronta digitale. Un algoritmo addestrato sui dati può determinare l’origine di un campione selezionato casualmente l’88% delle volte. Ci sono alcune specie ovunque. Trentuno (tutti i batteri) sono stati trovati in quasi tutti i tamponi e 1145 (anche Bar-Yeast e Bacteria) sono stati trovati in oltre il 70% dei campioni. Tuttavia, la stragrande maggioranza delle 4.246 specie identificabili aveva una distribuzione molto più ristretta.

In cima a questi oggetti identificabili c’è l’ignoto. Quasi la metà delle creature sequenziate non ha equivalenti nelle banche dati genetiche pubbliche del mondo, afferma Daniela Bezdan, ex CEO di Meta.Sub che era uno dei leader dello studio. Si stima che più di 1.000 batteri raccolti e 10.000 virus rimangano non identificati.

incontrerò il chiaro di luna…

Gli organismi non identificati sono comuni in tali spedizioni di pesca microbiologica, poiché una corretta comprensione della biodiversità microbica rimane sfuggente. Ma, per quanto siano intriganti, è improbabile che questi vicini nascosti siano pericolosi. “Sappiamo che non ci sono agenti patogeni perché le persone non si ammalano in modo ridicolo”, afferma David Danko, uno degli autori dell’articolo.

Le identità dei membri di questo oscuro microbioma sono solo uno dei misteri che restano da risolvere. L’ultima cosa che regola l’ecologia microbica della città. Sorprendentemente, il modello osservato riflette l’ambiente più comune per piante e animali in quanto le città tropicali hanno ecosistemi più ricchi di quelli vicino ai poli (la diversità microbica diminuisce in media di sette specie per ogni grado di latitudine). Nessuno sa con certezza perché questo modello sia associato a creature macroscopiche. Questo può essere vero anche per i microbi che possono aggiungere informazioni.

Oltre alle diverse latitudini, sono emersi altri tre modelli. Le città costiere condividono caratteristiche che mancano alle città dell’entroterra. Così fanno quelli ad altitudini più elevate, rispetto a quelli ad altitudini più basse. Lo stesso vale per le città ad alta densità di popolazione.

Per ora, mortoSub È ancora sul sito dei primi botanici e zoologi, che raccoglie informazioni su esattamente cosa c’era là fuori. Man mano che i modelli sottostanti diventano chiari, tali sondaggi possono avere vantaggi pratici. Dovrebbero, ad esempio, consentire alle agenzie di sanità pubblica di monitorare e mappare la diffusione delle malattie e di identificare nuove specie dannose. Possono anche consentire il monitoraggio dei geni portatori di batteri che conferiscono resistenza agli antibiotici. mortoSub Ha scoperto che tali geni sono ampiamente distribuiti, ma non uniformemente distribuiti. Era meno comune in Oceania e nel Medio Oriente. Perché, finora è impossibile dirlo.

Il giornale attuale sta solo guardando DNA Dai campioni, ma mortoSub La scansione inizia ora RNA Anche. Ciò è particolarmente rilevante per i virus, molti dei quali, come il coronavirus che sta dilagando nel mondo, immagazzinano i loro geni come RNA, non DNA. Mentre il team si prepara per il prossimo giorno di raccolta, spera che i dati raccolti forniscano un quadro più accurato del ruolo dei virus nelle città e forniscano informazioni sulla diffusione del coronavirus. ■

Questo articolo è apparso nella sezione Scienza e Tecnologia dell’edizione cartacea sotto il titolo “Caccia agli insetti di mezza estate”